Otto Waalkes wuchs in Emden auf, seine Mutter Adele Waalkes war Mitglied der Emder Evangelisch-Freikirchlichen Gemeinde, derenSonntagsschule er besuchte. Das erste Mal trat er im Alter von elf Jahren öffentlich auf, als er in einem Emder Kaufhaus u. a. denBabysitter-Boogie vortrug und dafür mit einem Gutschein über 30 Mark und einem Buch belohnt wurde. Im Alter von zwölf Jahren bekam er seine erste Gitarre, und 1964 trat er erstmals mit seiner Band The Rustlers im Raum Emden öffentlich auf.

1968 bestand Otto Waalkes am Gymnasium für Jungen in Emden die Abiturprüfung. 1970 nahm er an der Hochschule für bildende Künste Hamburg – nachdem er keinen Studienplatz in Freier Malerei erhalten hatte – ein Kunstpädagogikstudium auf, übte den Lehrerberuf jedoch nie aus. Unter anderem lernte er bei Hans Thiemann und Maltechnik bei Rainer Noeres. Seinen ersten Auftritt auf einer Bühne absolvierte er im Hamburger Folkloreklub Danny’s Pan, wo man für fünf Mark zehn Minuten lang sein Können zeigen konnte. In Hamburg wohnte er in einer WG mit vierzehn Mitbewohnern, unter ihnen Udo Lindenberg und Marius Müller-Westernhagen. 1972 lernte Waalkes seinen späteren Manager Hans Otto Mertens kennen, hatte mit seiner Band „The Rustlers“ sein erstes großes Konzert in Hamburg, wobei er live und auf eigene Kosten mitschnitt, und gründete mit Mertens das Label Rüssl Räckords. Noch im gleichen Jahr erschien die LP „Otto“, die sich 500.000 Mal verkaufte.

Waalkes war von 1987 bis 1999 mit Manuela Ebelt verheiratet und hat einen 1987 geborenen Sohn. Ab 2000 war Waalkes mit der 1972 geborenen Schauspielerin Eva Hassmann verheiratet. Sie führten nach eigenen Angaben eine Offene Ehe, in der sie oft an verschiedenen Orten lebten. Das Paar trennte sich Anfang November 2011 offiziell.